- 这里是《女神异闻录3 FES》的“Episode Aegis”部分，是在无印和携带版中都没有的新增内容。也属于标准时间线（真结局）的一部分。这部分内容包含对“Episode Yourself”（相当于无印或携带版男主线）的完整剧透。
拥有未来和开辟未来，完全是两回事。那样理所当然的事情，我们还不知道。确实，我们一无所知。开辟未来的钥匙，到底要怎么使用呢。
埃癸斯
“Episode Aegis”的故事发生在“Episode Yourself”結束幾週後的2010年3月31日。开场动画中揭示，3月5日主人公在埃癸斯大腿上幸福地去世了。S.E.E.S推測他的死亡與他使用生命力擊敗倪克斯有關。學年結束，宿舍即將關閉。埃癸斯向大家表示，她接下来不會再上學。
艾吉斯获得了“不羁之力”
在宿舍关闭前最后的晚宴上，S.E.E.S众發現自己被困在宿舍中，並且3月31日這一天不断重演。後來，在宿舍地板上開了一個類似門的大洞，S.E.E.S被類似於埃癸斯的反陰影武器梅蒂丝 (Metis) 攻擊。在與梅蒂丝戰鬥以保護她的朋友的過程中，埃癸斯的人格面具Athena轉變為Orpheus，这也是主人公的初始人格面具，埃癸斯還獲得了“不羁之力”。埃癸斯劝服了梅蒂丝。梅蒂丝说此举是为了帮助姐姐埃癸斯脱离时间轮回的困境。
在宿舍大洞之下是时间的夹缝 (時の狭間，Abyss of Time)，是造成時間轮回的原因。“时间的夹缝”共有七個門，內部有多層迷宫，設計與塔尔塔罗斯類似，戰鬥就发生在在這些區域之中。在每個迷宫的頂层，S.E.E.S可以看到每個成員過去发生的一件事。连着观看好几件之後，揭示出每扇門上顯示的事件就是該成員喚醒人格面具的情景。
在第七扇也就是最後一扇門的頂层，S.E.E.S與主人公的暗影形态戰鬥。擊敗它後，每個人都獲得了一把鑰匙。通過把钥匙拼凑起来，他們將能夠結束時間轮回並離開宿舍。但是，梅蒂丝為S.E.E.S提供了一種替代方案：與其解鎖宿舍的前門，他們還可以使用鑰匙返回到1月31日，回到與倪克斯戰鬥、主人公去世之前。由加莉想要这样選擇、想要救下主人公，美鹤也支持她，而S.E.E.S的其他成員則認為這太危險了。
S.E.E.S再也無法就如何使用钥匙達成一致，决定通过内战来做出決定。埃癸斯、梅蒂丝和风花擁有全部八個钥匙，拼凑成了最终的钥匙。由加莉試圖從埃癸斯手中夺取鑰匙，被梅蒂丝阻止。由加莉承認自己陷于悲痛之中失去了理智。她在当时也曾做出諾言，但與埃癸斯不同，这个诺言是對她自己的。她许诺尝试將世界變成一個和平的世界，使人們停止對毁灭的渴望。但她承認，自己不能真的成為那样的人，现在除了再次見到主人公之外，她什麼都不關心。S.E.E.S众安慰她。她最终決定尊重埃癸斯返回现实的決定。
他們在“時間的夹缝”中發現了新的第三扇門，通过这扇门S.E.E.S来到了主人公將倪克斯封印的那个瞬间。梅蒂丝解釋說，主人公創造封印不是对倪克斯的（倪克斯本性并无善恶），而是要阻止人類召唤倪克斯、导致毁灭的重演。从活着的人们寻求死亡的意识中诞生的恶念的集合体，不斷创造出一種叫做厄瑞玻斯 (Erebus) 的怪物，这个怪物试图破坏封印以召喚倪克斯。梅蒂丝暗示厄瑞玻斯與倪克斯的接觸是造成毁灭的原因。S.E.E.S意識到，即使他们也曾有求死的欲望，因此如今希望與之作战。战后，美鹤指出，厄瑞玻斯未来还將重生，因為人類总是拥有着對死亡的渴望。
离开“时间的夹缝”、用最終鑰匙打开宿舍前門後，梅蒂斯、埃癸斯和S.E.E.S众被召喚到天鵝絨房间，伊戈爾表示惊喜。梅蒂丝的真正身份是埃癸斯的一部分人格，因为对主人公的死感到煩惱，她不愿意再像人類一樣生活，希望重新去做一台机械。但是在经历了“时间的夹缝”发生的种种事情之后，埃癸斯如今改變了主意，決定繼續上學。